刘铭传学院是我校与台湾铭传大学在多年合作和彼此了解的基础上共建的下属二级学院，成立于2015年3月，2015年9月23日举办了揭牌仪式，时任安徽省副省长花建慧和铭传大学李铨校长共同为刘铭传学院揭牌。刘铭传学院曾设有四年制本科财务管理、电子信息工程和计算机科学与技术三个专业，实行“2+1+1”培养模式，第三学年学生可赴台湾铭传大学学习，学生完成双方学校规定的学业，将获得合肥师范学院颁发的本科毕业证书并授予学士学位，2018年滨湖校区的刘铭传学院教学楼建成后投入使用。一直以来，刘铭传学院承接皖台两地青年大学生 “徽文化”研学营活动。2023年6月，刘铭传学院撤销二级学院独立建制，与港澳台事务办公室合署办公，具体负责与台铭传大学后续交流合作相关事宜。